お客様が事前にカード払いした場合にお店で注文キャンセルした時は返金されますか？

キャンセル処理すると、事前決済の場合も返金処理がされる仕様です。
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返金処理はfunfoアプリで実行した後に、即時で完了されますが、

返金の履歴が表示されるタイミングはカード会社およびご使用されているアプリによります。
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funfo側において「返金完了」になりまりましたら、基本対応不要ですので、ご安心ください。
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